A nemzeti park másik fő területi egységét a Fertő egykori "édesanyja", a Hanság képezi. A területet a harmadkor második felében a Pannon-tenger, majd annak fokozatos visszahúzódásával a Győri-tó borította. A pleisztocén végén a Duna, a Rába és a térségre érkező egyéb folyóvizek vastag homokos-kavicsos hordalékot terítettek szét. A mai felszín az ezt követő szétdarabolódások, süllyedések, valamint a szél hatására jött létre.

A sekély, édesvízzel borított medence dús vegetációnak adott otthont, ami elhalása után, a vízborítás következtében tőzegfelhalmozódáshoz vezetett. Más, iszapos hordalékkal borított területeken lápi talajok alakultak ki. A Hanság életében és kialakulásában meghatározó szerepet játszottak az ideérkező vizek. A tavak, az időszakos vízborítású lápos és mocsaras területek, valamint az emberi megtelepedésre is alkalmas lápszigetek (gorondok) rendkívül változatos vizes élőhelyek sorozatát alkotják, növény és állat számára egyaránt. Az 1777-79-es években Pomogy (Pamhagen) és Süttör között megépített töltés jelentette a Hanság mesterséges szétválasztását a Fertőtől. Ezt követően felgyorsultak a vízrendezés munkálatai. A Rábca medrének több szakaszban történő kiépítésével (1795-99, majd 1800-13) indult meg és a Kis-Rába, Répce, Kardos, Ikva folyók rendezésével folytatódott 1840-ig a Kapuvári- vagy Déli Hany lecsapolása. E területhez, pontosabban a volt Király-tó környékéhez fűződik Hany Istók legendája. A ránk maradt írások szerint 1749 márciusában kapuvári halászok fogták ki a vízből.

A Kapuvári-Hany rekettyefüzes láprétjeiről, égererdejéről volt híres, mely csíkhallal, lápi póccal (Umbra krameri), vízimadarakkal, mézzel és tüzelővel látta el a hanyi embert. Égeresei gazdagok lombfogyasztó rovarokban: nedves, vizes élőhelyekhez kapcsolódó bagolylepkék (Noctuidae), púposszövők (Notodontidae) és más ritka fajok színesítik a helyi életközösségeket. Az elevenszülő gyík (Lacerta vivipara) és számos más ritka faj található a réteken. Közismerten gazdag a Király-tó madárvilága. Földje is értékes, már több mint 160 éve bányásszák tőzegkincsét. Kezdetben tüzelőként, a gőzgépek hajtására, villamos áram termelésére; napjainkban pedig virágföldként és szennyvíztelepek szűrőberendezéseiben használják fel.

Természetes úton a mosonszentpéteri és bősárkányi földnyelvek választják el a Kapuvári-Hanyt "testvérétől" a Lébényi-Hanytól. A Hansági-főcsatorna megépítésével (az utolsó szakasza 1910-ben lett kész) lehetőség nyílt a Lébényi-Hany lecsapolására is. Ennek hatása sajnos nem is váratott sokat magára, ugyanis már a '30-as évektől kezdődően öntözésre szorult a terület!

A Lébényi-Hany lápi nyúlfarkfüves (Seslerietum uliginosae), valamint kék-perjés (Succiso-Molinie-tum) kiszáradó láprétjein gyönyörű kosborok virítanak, úgymint a szúnyoglábú bibircsvirág (Gymna-denia conopea), a hússzínű ujjaskosbor (Dactylorchiza incarnata), a mocsári kosbor (Orchis laciflora). Ugyanitt található a kornis tárnics (Gentiana pneumonante), az illatos hagyma (Allium suaveolens), a buglyos szegfű (Dianthus superbus). Fészkel még a túzok és megtalálható a rákosi vipera (Vipera ursinii rakosiensis) is. Nyíreseiben fekete harkály (Dryocopus martius) fészkel, elegyes lágylombos erdeiben ritka nagylepkék: sárga pohók (Gastropacha populifolia), púposszövő, tölgy-kőris-szil (Fraxino-Ulmetum) ligeterdeiben pedig a kabasólyom (Falco subbuteo), erdei füles- (Asio otus) és macskabagoly (Strix aluco) talált otthonra. Nádasaiban nyílik a ritka nádi boglárka (Ranunculus lingua), a csatornák hínarasaiban pedig békaliliom (Hottonia palustris) is található. Nagyvadállománya, a szarvas (Cervus elaphus), a vaddisznó (Sus scrofa) számottevő, a vaddisznó esetenként károkat is okoz a rétek feltúrásával.

A helyi, vízhez kötött élővilág számára napjainkra mindössze néhány kisebb tó maradt meg a "vadvízországnak" is nevezett hanyi lápvilágból, nevezetesen: a Király-tó, és a Tóköz tavai, amelyek: a Barbacsi-, a Kónyi- és a Fehér-tó. Bennük még jelentős számban élnek a csíkfélék (Cobitidaie), a lápi póc és cigányhal (compó, Tinca tinca). A nádasokban fészkel a szürke gém, a nagy kócsag, a bölömbika; a réteken piroslábú cankók, godák és bíbicek nevelik kicsinyeiket. Jelentős a reliktum, patkányfejű pocok (Microtus oeconomus ratticeps) népesség is, különösen a Fehér-tó környékén. E tavaknál a terület bejárása, a madármegfigyelés lehetősége adott, de csak szakvezető kíséretében.

Ma, a nagyfokú lecsapolások, tájalakítások után a Hanság elsődleges természeti értékeit az európai szinten veszélyeztetett tőzeges területek, a Tóköz viszonylag érintetlenül maradt tavai, az egykori égeresek maradványai (Dryopteridi-Alnetum), (pl. a király-tói és a Csíkos éger), a tölgy-kőris-szil ligeterdők még meglévő foltjai (Lébénynél) és a - helyenként füzesekkel tarkított - hansági rétek alkotják a maguk sajátságos élővilágával. Nem szabad ugyanakkor megfeledkezni a csatornák és bányatavak által létrejött mesterséges élőhelyekről sem, amelyek az egész mai Hanságot behálózva értékes vízi állatvilágnak adnak otthont, s egyben fontos táplálkozóterületeket a szárazföldi fajok számára is. Emellett a meglévő csatornahálózat magában hordozza annak lehetőségét, hogy - hathatós vízgazdálkodással - az eredeti élőhelyek egy része visszaállítható legyen.